Появление лютеран в России относят к XVI веку. Первые лютеране в России появляются почти сразу после оформления Аугсбургского исповедания на Западе. Большой эмиграции лютеран в Россию способствовали политические условия: расширение межгосударственных связей приводило к обмену дипломатическими миссиями, заключению договоров с лютеранскими странами. Дипломатические союзы с XVIII века закреплялись браками русских государей с иностранками, преимущественно с лютеранками, перед замужеством принимавшими православную веру. Вмести с иностранцами-лютеранами в Россию приезжали и лютеранские пасторы. В XVI-XIX веках численность лютеран в России увеличилась также в результате войн, поскольку к территории России присоединялись земли с лютеранским населением. Военнопленные-лютеране расселялись по разным русским городам.
Считается, что различные специалисты начали прибывать в Россию уже в последние годы княжения Василия III (1524-1533) и при Иване IV (Грозном) из Германии и Швеции. Известно, что русское правительство знало о происходившей в Западной Европе Реформации: прямое упоминание о ней впервые встречается в дипломатических документах Ивана IV (1533-1584). Нуждаясь в западных специалистах, цари предпочитали выписывать из-за границы именно лютеран (лютеров), поскольку Русскому государству в те времена приходилось вести тяжелую борьбу с католической Польшей.
Оказавшиеся в России лютеране селились в Москве, Владимире, Угличе, Костроме, Нижнем Новгороде+ Им было разрешено иметь свои церкви.
С царствования Ивана Грозного ведет свое начало история старейшей евангелическо-лютеранской общины в России, которая была основана в Москве. Годом ее образования принято считать 1559, поскольку с этого времени известно имя первого лютеранского пастора Тимана Бракеля. Ко времени правления того же царя относят первое упоминание о лютеранской кирхе в России, сооруженной в 1576 году в Москве. Ее существование было документально засвидетельствовано в письме приближенного принца Магнуса Датского, в котором говорилось о данном Иваном Грозным немцам разрешении придерживаться чисто евангельского учения Аугсбургского вероисповедания и даровании им церкви.
Несмотря на то, что позже Немецкая слобода (предместье Москвы, где жили иностранцы), а вместе с нею и кирха были уничтожены опричниками, в целом царствование Ивана Грозного можно назвать благоприятным для лютеран. Известно, что и сам царь проявлял интерес к лютеранской вере и даже просил датского короля прислать ему русский перевод «Аугсбургского вероисповедания» и «Катехизиса» Мартина Лютера.
В царствование Федора Иоанновича (1584-1598) и Бориса Годунова (1598-1605) продолжался приток в Россию иностранцев, в том числе и лютеран. Уже до пяти тысяч протестантов служили в русских войсках, занимая, как правило, командные должности.
Трехсотлетнее правление дома Романовых, установившееся после Смутного времени, благоприятно отразилось на росте численности лютеран и расширении территории их расселения.
При первом царе династии Романовых — Михаиле Федоровиче (1613-1645) лютеране стали селиться в Серпухове, Ярославле, Вологде. Ко времени правления Михаила Федоровича относится создание в Москве частью прихожан отдельной общины, которая устроила себе церковь Петра и Павла в Белом городе.
В период правления Алексея Михайловича (1645-1676) лютеране расселяются в Новгороде, Пскове, Белгороде. К концу его царствования в России насчитывалось 18 тысяч лютеран и кальвинистов.
В царствование Петра I (1672-1725) в результате победы России в Северной войне численность лютеран опять заметно возросла, так как к России присоединились шведские провинции: Ингрия, Эстония, Ливония, часть Финляндии. Петр I, как и его предшественники, приглашал в Россию различных специалистов протестантской веры. Он был заинтересован в расширении контактов с протестантскими странами для проведения реформ в государстве. В манифесте от 16 апреля 1702 года закреплялась свобода отправления религиозной службы иностранцами в России. При Петре I ответственность за Лютеранскую Церковь стал нести Синод. Кроме того, царь назначил первого суперинтенданта всех евангелическо-лютеранских церквей в России, чем положил начало упорядочению их деятельности.
В Москве единственное сохранившееся здание лютеранской кирхи, как считают, было построено в 1702 году при участии Петра, заложившего первый камень в ее основание. Позже община переехала, и кирха была возведена на другом месте.
В 1708 году Петр I основал существующую и ныне в Петербурге лютеранскую церковь Св. Петра. Из книг и хроник этой церкви известно, что все русские цари были частыми ее посетителями. В кирхе имелось даже особое царское место. Петр I не только посещал эту церковь в дни богослужений, но и певал там духовные песнопения. При нем появилось изложение Аугсбургского исповедания на русском языке. Императором в 1723 году было поручено Священному Синоду собрать, перевести и напечатать катехизисы разных вероисповеданий, в том числе и лютеранского. Однако веление не было исполнено вследствие последовавшей вскоре смерти Петра.
В эпоху дворцовых переворотов особо благоприятным для лютеран временем было царствование Анны Иоанновны (1730-1740). В ее окружении было много иностранцев лютеранского вероисповедания, некоторые из них занимали высшие должности.
В царствование Екатерины II (1762-1796) число лютеран в России заметно увеличилось за счет прибывших в страну немцев-колонистов, из которых две трети были лютеранами. В основном они селились в Поволжье. Более мелкие колонии немецких поселенцев к концу XVIII века появились на юге России. Некоторые лютеранские общины оказались в России в 1772 и 1773 годах в результате раздела Польши и присоединения Ливонии и лютеранской Курляндии в 1795 году.
Император Александр I (1801-1825) возобновил переселенческую политику и способствовал заселению немецкими колонистами Южной России и Крыма в 1803-1809 годах, а в 1817 и 1820 годах — Бессарабии, Трансильвании и снова Южной России.
В 1802 году в Дерпте был основан университет с лютеранским теологическом факультетом. Отныне Церковь уже не нуждалась в призыве пасторов исключительно из-за границы, в виду подготовки в Дерпте российских студентов.
Наиболее значительным событием в истории Лютеранской Церкви в XIX веке можно считать принятие в царствование Николая I (1825-1855) в 1832 Устава Евангелическо-Лютеранской Церкви в России. С тех пор положение лютеранского вероисповедания в России стало официально регламентироваться. В Уставе закреплялось деление Лютеранской Церкви на консисториальные округа, управляемые консисториями. Во главе каждой из них стоял генерал-интендант. Эти округа разделялись на пропства, состоящие из приходов. Высшей административной инстанцией служила Генеральная консистория в Санкт-Петербурге, которая собиралась два раза в год. Московский консисториальный округ включал множество губерний (область, почти равная по территории сегодняшней Российской Федерации).
17 апреля 1905 года в России вышел Указ о веротерпимости, которым было разрешено переходить из православной вера в лютеранскую и крестить детей от смешанных браков в лютеранской вере. В 1914 году в России, не считая Эстонии, Ливонии, Курляндии, Финляндии и Польши, было не менее 234 лютеранских общин окормляемых 225 пасторами.
Тенденция к сокращению численности лютеран в России начинает проявляться во время Первой Мировой войны. Многие члены Лютеранской Церкви в России были этническими немецами. Они подвергались гонениям на протяжении военных лет (1914-1917). Многие пасторы, обвиненные в «германофилии», были сосланы в Сибирь. Подверглись преследованиям и волынские немцы, выдворенные войной с территории своего проживания. Принудительные меры по отношению к немцам были остановлены революцией.
Октябрьский переворот 1917 года отделила Церковь от государства. До создания новых организационных форм Евангелическо-Лютеранская Церковь в 1920 году выработала «Временные постановления» о самоуправлении евангелическо-лютеранских общин в России. В их первом пункте явно характеризовалась переходная ситуация: «Временные постановления» имели своей целью сохранение единства церковной жизни и самоуправления общин евангелическо-лютеранского вероисповедания. После отделения Церкви от государства они продолжали существовать под названием «группа верующих» до созыва Генерального Синода. Таким образом, была предпринята попытка сохранить жизнь лютеранских общин в единстве. Общей катастрофой стал разразившийся в стране в 1920-1922 годах голод, который особенно поразил районы Поволжья, населенные немцами. Многие лютеране эмигрировали из России после 1917 года. Финны, эстонцы, латыши и балтийские немцы возвращались на свои родные земли, которые отделились от России.
С введением НЭПа в 20-е годы Церковь смогла вздохнуть свободнее. Снова стали возможны поездки в зарубежные страны, были разрешены церковные договоры, налаживались контакты для сотрудничества, и в Ленинграде открылась Семинария для подготовки пасторов.
В июне 1924 года в Москве, в церкви святых Петра и Павла, собрался Генеральный Синод Евангелическо-Лютеранской Церкви страны, на котором присутствовало 56 делегатов. В его работе принимало участие представители латышской, эстонской и финской групп. Главными итогами этого церковного собрания были принятие Основного закона и выбор церковного руководства. Вместо прежней Генеральной консистории в Санкт-Петербурге во главе Евангелическо-Лютеранской Церкви стал Верховный совет в Москве. Основной закон, регламентирующий деятельность Церкви, оставался, в принципе, в силе до введения порядка 1988-1990 годов.
Однако в конце 20-х годов снова начались гонения на Церковь, сопровождавшие начавшийся в стране процесс ускоренной коллективизации. Многие из пасторов были репрессированы и погибли в тюрьмах и концентрационных лагерях. С другой стороны, наблюдалась массовая смертность населения от разразившегося в стране голода. Общинная и духовная жизнь замирают после 1937 года. В 1938 году была закрыта и церковь Петра и Павла в Москве. Община была распущена и частично депортирована.
С 28 августа 1941 года началось насильственное выселение российских немцев, среди которых были сотни тысяч лютеран, в Среднюю Азию, Сибирь и Казахстан.
Старейшей на территории российской империи лютеранской церковью по праву считалась церковь святого Михаила в Немецкой слободе. Как и в Петропавловском храме, основу Михайловского прихода составляли выходцы из Прибалтики и германские поданные. Прихожанами храма являлись также члены московской шведской колонии, датчане и финны, проживающие в городе. Наиболее заметной фигурой был председатель тогдашнего церковного совета Альтгаузен, активный член общества «Старая Москва», известный своими исследованиями по истории храма и Немецкой слободы. Достоянием Михайловской церкви было множество церковных памятников, являвшихся летописью евангелических общин Москвы, разнообразная утвар: серебряные чаши конца ХVШ — начала XIX веков, двухъярусное паникадило с гербом 1685 года, красивые металлические люстры, сундуки XVIII века и т. д. На стенах древней кирхи висели картины с изображением Лютера, пасторов Дитриха и Заверса. Церковная библиотека насчитывала более трех с половиной тысяч книг. В храмовый комплекс входили трехэтажное здание мужского реального училища, лазарет и часовня.
История отпустила Михайловскому храму лишь десять лет жизни после революции. Несчастьем стало то, что рядом с кирхой обосновался Центральный аэродинамический государственный институт (ЦАГИ им. Н.Е. Жуковского). Несмотря на то, что еще в 1925 году община пошла на уступки этой организации, институт стал настаивать на полной ликвидации церкви. Верующие пытались активно бороться. Они отправили во ВЦИК несколько писем с сотнями подписей, содержащих настоятельные просьбы не закрывать храм. Все было напрасно, Президиум ВЦИК решением от 7 мая 1928 года отдал храм в распоряжение ЦАГИ, который вскоре и смел древний памятник с лица земли.
Верующие пытались активно бороться. Они отправили во ВЦИК несколько писем с сотнями подписей, содержащих настоятельные просьбы не закрывать храм. Председатель Высшего Церковного Совета епископ Мейер писал во ВЦИК: «Михайловская церковь, старейший лютеранский храм в нашем государстве, имеет для всех немцев-лютеран выдающееся историческое значение, и закрытие этой церкви явилось бы сильным нравственным ударом для всех немцев-лютеран СССР». Все было напрасно, Президиум ВЦИК решением от 7 мая 1928 года отдал храм в распоряжение ЦАГИ, который вскоре и смёл древний памятник с лица земли.
Перед закрытием храма часть его ценностей была передана в один из центральных музеев Москвы. В июле — августе 1928 года музейные работники приняли, как следует из описи, «6 паникадил XVII века, изразцовую печь XVII века, 6 подсвечников, 20 бра XIX века, 1 старинную кованую дверь, 3 креста, 1 знамя рода Брюсов» и многое другое. Из храма было вывезено также 127 единиц упаковок архивных материалов.
Прихожане с остатками богослужебной утвари и оборудования алтаря перебрались в здание реформатской церкви, которое им было выделено на правах соаренды. Туда же были перенесены и портреты известных пасторов и членов церковного совета, а также церковные часы.
В 1996 г. Общине Свв.Петра и Павла был передан уникальный 33-х регистровый орган, изготовленный фирмой W.Sauer для Московской лютеранской церкви св.Михаила в 1898 г. После закрытия церкви в 1928 г. он был перевезен в 1-ый Московский крематорий. Несколько позже Музеем архитектуры г.Москвы общине был передан барокальный алтарь XVIII века, ранее также принадлежавший церкви св.Михаила. Орган установлен на органной галерее собора в 2005 году.
В 2006 году прошла государственную регистрацию, возрожденная усилиями энтузиастов, община Св.Михаила Архангела в Москве, а через год приход Св.Михаила совместно с другими общинами (Рязань, Воронеж, Красноярск и др.) основали Евангелическо-Лютеранскую Церковь Аугсбургского исповедания, которая ставит своими важнейшими задачами возрождение исторического и конфессионального лютеранства, основываясь на надэтнической природе церкви и ставя во главу угла своего учения и практики Слово Божие и Аугсбурсгкое исповедание христианской веры.
