Территориальная структура ЕЛЦ АИ родразделяет церковь на округа. В настоящее время наша церковь делится на 3 округа:
- Центральный ЦО
- Калининградский ЦО
- Зарубежный ЦО
К Центральному церковному округу относятся все приходы в России, в том числе в Москве, на Алтае и других регионах. К Калининградскому ЦО относятся все приходы на территории Калининграда и области. К Зарубежному ЦО относятся все приходы, находящиеся вне территории России.
По своей структуре управления церковь относится к епископальной, так как во главе церкви стоит начальствующий епископ, он же архиепископ, а священство делится на диаконов и священников. В то же время всех можно называть пасторами, так как все являются пастырями общин, и выполняют пастырские обязанности.
Пасторы, избранные своей общиной на служение, но еще не получившие рукоположения с наследованием Апостольского Преемства, называются электусами. Вновь избранный епископ также может временно быть электусом.
Пасторы, руководящие церковными округами, не имеющие епископского сана, называются суперинтендентами, а помогают им пробсты, если округ достаточно большой и делится на пробства (или пропства, что одно и то же).
В каждой общине может быть свой секретарь, лидер или руководитель приходского совета. Остальные церковнослужители — чтеца, певцы и т.д. — выбираются и назначаются по усмотрению общины в зависимости от надобности.
Для решения текущих вопросов периодически проводятся заседания Консистории, в которую входят обычно президент, все епископы и избранные священно- и церковнослужители, а также миряне. Для решения серьезных вопросов управления, назначения руководства и т.д., президентом созывается Генеральный Синод.